A exemplo do Rio de Janeiro, que foi batizado em 1o de janeiro de 1502, quando o chefe da primeira expedição exploradora, o navegador André Gonçalves, supôs ser, a baía da Guanabara , a desembocadura de um grande rio, batizando-a Rio de Janeiro, a baía da Ilha Grande, também foi confundida, pela mesma expedição, em 6 de janeiro do mesmo ano.

Navegando pelo o canal existente entre o continente e a Ilha Grande ( a expedição não imaginava ser uma ilha e portanto não foi batizada ) , julgavam estar entrando em uma enseada. Ao chegar às proximidades da atual cidade de Angra dos Reis, verificou-se o engano: não era uma enseada (angra) mas, por ser o dia em que a Igreja Católica comemora os Santos Reis Magos, ficou a localidade batizada como Angra dos Reis, embora a fundação oficial da cidade tenha se dado em 1608.

Naquela época, a região era habitada por índios, que com o tempo foram sendo escravizados pelos portugueses que foram ocupando as aldeias existentes em locais onde hoje temos: Mangaratiba, Ilha da Gipóia (em frente a Angra dos Reis) e Paraty.